Zhoř je prvně zmiňována v roce 1239, kdy náležela klášteru v nedalekých Kladrubech. Ke kladrubskému klášteru, později statku, náležela až do roku 1850. Kolem roku 1340 povolil markrabě Karel, Sulkovi z Prostiboře, aby v okolí Prostiboře a vsí Zhoř a Skapce otevřel doly na rudy.